Kronik farenjit tedavisine başlamadan önce mutlaka bir doktor tarafından teşhis konulmalıdır. Bu nedenle, bir kulak, burun ve boğaz uzmanına başvurmak oldukça önemlidir. Muayeneden sonra doktor, çeşitli tahliller, endoskopik incelemeler ve röntgen filmi çekilmesi gibi yöntemler isteyebilir. Bakteriyel enfeksiyonlar, antibiyotiklerle tedavi edilir; çünkü ancak bu şekilde geçici bir iyileşme sağlanabilir.

Kronik sinüzit tedavisinde, kapalı sinüslerin açılması için cerrahi müdahale gerekebilir. Alerjinin nedenini ortadan kaldırarak hastalık kontrol altına alınabilir. Antihistaminikler, dekonjestanlar, steroid burun spreyleri ve kromolin gibi ilaçlar kullanılabilir. Ancak, bazı antihistaminikler mukozayı kurutarak salgının kalınlaşmasına neden olabilir. Dekonjestanlar ise kan basıncının artmasına ve kalp hastalığının şiddetlenmesine yol açabilir. Steroid spreyler, tıbbi kontrol altında uzun süre güvenle kullanılabilir. Ancak, ağızdan alınan veya enjeksiyonla verilen steroidler uzun süre kullanıldığında sıkı bir takip gerektirir.

Kronik farenjitin tedavisinde, mide asit üretimini durduran ilaçlar doktor kontrolünde verilmelidir. Fiziksel bozukluklar cerrahi müdahaleyi gerektirebilir. Septum deviasyonu, sinüslerin normal şekilde boşalmasını engelleyerek kronik sinüzite neden olabilir. Septumdaki küçük bir çıkıntı bile anormal salgıya ve tahrişe neden olur. Septumdaki küçük bir delik kabuklanmaya yol açabilir. Burnun yan duvarlarından çıkan ve hava akımını ayarlayan konkaların şişmesi veya poliplerin varlığı da şikayetlere neden olabilir.

Her zaman bir sebep bulunamayabilir ve doktor tedavisiyle iyileşme sağlanamayabilir. Bu durumda, hasta ameliyat yoluyla tedavi edilebilir. Ancak, bazen özel bir sebep bulunamaz. Bu durumda, tedavi şekli salgının inceltilmesi yönünde olur. Bu daha çok sıvı tüketimi az olan kişiler için geçerlidir. Bu hastaların günlük olarak en az 8-10 bardak su içmeleri gereklidir. Kafein ve kafein içeren her şeyden kaçınmalıdırlar. Ayrıca, zorunlu değilse idrar söktürücü kullanılmamalıdır. Salgıyı inceltici guaifenesin veya organik iyot kullanıldığında, ciltte döküntü veya tükürük bezlerinde şişme gibi yan etkiler görülürse ilaç kesilmelidir.

Burun temizliği, kalın ve azalmış salgının düzelmesinde çok etkili bir yöntemdir. Burun için özel olarak tasarlanmış aletler kullanarak, günde en az 2, en fazla 10 kez burun yıkanmalıdır. Isıtılmış suyun içine yemek sodası veya tuz eklenerek evde hazırlanan bu sıvı ile burun temizliği yapılabilir. Sık sık burun deliklerini nemlendirmek de oldukça faydalıdır.